При работе с Sony Vegas (лично у меня версия 8 и речь о ней) есть две разные вещи при работе с FX-фильтрами. Можно задавать их непосредственно для ролика (куска видео), а можно поставить сразу на весь выходной канал.

Не сложно догадаться, что в первом случае они работают только на тот кусок на который они поставлены, а во втором случае через них прогоняется все, что идет наружу.

Вот и вся тонкость.

Просто если у вас все видео одинаковое и вы используете только одинаковый набор фильтров (например вытаскиваете плохое качество исходника), то вам нет смысла ставить и настраивать фильтры на каждый кусок. Да и работает верстка так быстрее.